Программный комплекс GeoniCS состоит из шести модулей, образующих единый комплект поставки. Модуль «Топоплан» — это ядро программы, позволяющее создавать топографические планы, вести базу точек съемки проекта, строить трехмерную модель рельефа и проводить анализ полученной поверхности.

Модуль «Генплан» используется при проектировании промышленных объектов различного назначения, а также объектов гражданского строительства. Он обеспечивает полное соответствие требованиям ГОСТ 21.508−93 «Правила выполнения рабочей документации генеральных планов предприятий, сооружений и жилищно-гражданских объектов».

Модуль «Сети» позволяет проектировать внешние инженерные сети и оформлять необходимые выходные документы. Модуль «Трассы» обеспечивает проектирование линейно-протяженных объектов и оформление необходимых выходных документов. Модуль «Сечения» позволяет получить поперечные профили по цифровой модели рельефа и осевой линии трассы, созданных в модулях «Топоплан» и «Трассы», а также запроектировать очертания дорог и водоотводных устройств с формированием объемов земляных работ и материалов.

Модуль «Геомодель» предназначен для автоматизации процесса подготовки графических отчетных документов инженерно-геологических изысканий (инженерно-геологические разрезы и колонки).