Полносверточная (использующая только слои свертки) нейросеть на основе архитектуры EfficientNetV2 предназначена для анализа управляющих областей генома, в частности, предсказания экспрессии генов по регуляторным последовательностям ДНК. Численные представления экспресии вычислялись на основе суммирования векторов предсказанных вероятных значений.

Кроме того, LegNet может быть использован для предсказания необходимой для требуемой экспрессии тех или иных генов последовательностей промоторов — некодирующих участков, управляющих началом синтеза матричной РНК с последовательности ДНК гена. Нейросеть обучали на графическом процессоре NVIDIA RTX A5000 на большом массиве данных, содержащем миллионы коротких их последовательностей.

Модель была представлена и выложена в открытый доступ учеными из МГУ им. М.В. Ломоносова, Института белка РАН и Института общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН в июле 2023 года.

👤 Дмитрий Пензар