В NitrosBase все данные хранятся в формате внутренней графовой модели, прочие поддерживаемые модели являются ее представлениями. Независимо от того, в формате какой модели были загружены данные, к ним можно обращаться с помощью одного и того же языка запросов, единообразно сочетая в запросе обращения к данным, загруженным в формате различных моделей.

Более того, к данным в формате любой модели можно обращаться с использованием языка запросов, наиболее естественного для этой модели. NitrosBase поддерживает: SQL с элементами объектного синтаксиса — для запросов к данным в реляционном представлении, SPARQL и Gremlin-подобный язык GraphIQ — для запросов к данных в графовом представлении, JSONiq[en] и язык запросов MongoDB — для данных в JSON-представлении.

NitrosBase используется в информационных системах поддержки реформирования здравоохранения в Российской Федерации.