Трехмерная сверточная нейросеть ProBAN (Protein Binding Affinity Network) может применяться для задачи предсказания аффинности (необходимого количества энергии) связывания в новых, экспериментально малоизученных белок-белковых комплексах.

Применение алгоритма позволяет проанализировать информацию о межатомных взаимодействиях (в частности, выявить значение константы диссоциации и энергии Гиббса), реализуемых на разных расстояниях между функциональными группами, сохранив особенности пространственной организации комплексов. Полученные нейросетью результаты представляются в виде четырехмерных тензоров, содержащих информацию о положении атомов и их способности участвовать в различных типах взаимодействий в комплексах.

Использование ProBAN, подчеркивают разработчики, позволит значительно сократить время и ресурсы на начальном этапе разработки лекарств, использующих эти соединения, в частности препаратов против рака.

Нейросеть была представлена исследователями кафедры биоинженерии биологического факультета МГУ им. М.В. Ломоносова в июне 2024 года. Доступна как открытое ПО.

Репозитории на «Яндекс Диске» и на GitHub

Статья в журнале PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics

👤 Елизавета Богданова

• Смотреть