Биофизики Центра исследований молекулярных механизмов старения и возрастных заболеваний ЛФИ МФТИ разработали новый подход для превращения мембранных белков в растворимые. Для этого используется графовая нейронная сеть ProteinMPNN и моделирование методом молекулярной динамики. С помощью этих инструментов можно предсказать последовательность возможных растворимых аналогов мембранных белков.

Ученые получили растворимые варианты для бактериородопсина — одного из самых известных мембранных белков. Они оказались функциональными и удобными в работе. Полученные белки сохранили активный сайт — участок, который обеспечивает контакты с другими макромолекулами. Это было подтверждено с помощью спектроскопии и рентгеновской кристаллографии.

Разработанный подход может помочь в других проектах: разработке растворимых аналогов человеческих рецепторов, создании новых молекулярных инструментов для клеточной биологии и развитии биотехнологий.

Исследователи ФИЦ Биотехнологии РАН, МФТИ, МГУ им. М.В. Ломоносова в ноябре 2024 года представили ИИ-алгоритм, который позволил им без точных данных о структуре исходной молекулы создать улучшенную версию белка водорослей AstaP. Это может помочь сохранить клетки сетчатки глаза от возрастных изменений.